Von 1997 bis 2002 wurde auf der Insel eine rote Flagge mit einem ein Drittel breiten goldenen Streifen am Mast verwendet. Ab 2002 ist die Flagge einfarbig golden, zeigt jedoch einen großen roten Stern in der Mitte. Rot ist im Bereich des Indischen Ozeans eine Flaggenfarbe mit großer Tradition und großer Verbreitung, von den Küsten Arabiens, über Sansibar bis zu den Maldiven, die in engem Zusammenhang zum Islam steht. Rote Flaggen haben bzw. hatten alle islamischen Dynastien, die sich auf die Herkunft von den Alawiten (auch Aliden genannt, Abkömmlinge Ali's) berufen (z.B. heute noch Marokko, ehemals Nordjemen), oder auch die arabischen Emirate, einschließlich Omans. Oman hatte früher, bis etwa 1730 auch die gesamte afrikanische Ostküste unterworfen (bis weit ins heutige Mosambik hinein), und durch Verlegung des Regierungssitzes nach Sansibar (ca. 1830) ein neues Reich (Sansibar) begründet, welches auch dessen rote Flagge führte. Die Flagge des Sultanats Mwali zeigte einen breiten grünen Streifen am Mast – mit silbernem Halbmond und Stern – und im restlichen Teil des Tuches acht abwechselnd rote und weiße Streifen. Das Grün und Halbmond und Stern standen für den Islam, Rot und Weiß sind die alten Farben von Madagaskar.
