Die Flaggengeschichte des Landes beginnt mit der Piraterie arabischer Stämme, die sich in der Region durch die Konfrontation der großen Seemächte in den Napoleonischen Kriegen und dem sich nach Napoleons Niederlage erholenden Welthandel zu sehr erfolgreichen Piraten entwickeln konnten. Die wichtigsten Vertreter der Piraterie waren die Stammesverbände der Hinawi (Scheichtum Abu Dhabi, später kamen noch Dubai und Fudschaira hinzu) und Ghafiri (in den Scheichtümern Umm al-Qaiwain und Adschman) und die mächtige Dynastie der Al-Qawasim, die in Emirat Ras al-Chaima und später auch in Schardscha regierte. Die Hinawi und Ghafiri verwendeten einfarbige rote Flaggen ohne definierte Seitenlängen. Die Al-Qawasim hatten, als mächtige Seemacht, schon eine modernere Flagge. Sie war horizontal gestreift grün-weiß-rot mit einer arabischen Inschrift in der Mitte "Nassr min Allah wa fatah karib" → "Durch Allah zum Sieg und zur totalen Unterwerfung". Die Seemacht Großbritannien beschloss militärisch gegen die Piraterie vorzugehen und besiegte die arabischen Stämme der Region, die 1820 zu einem die Piraterie beendenden See-Friedensvertrag gezwungen wurden. Die Araber wurden zum Frieden verpflichtet, jedoch erhielten ihre Schiffe Freizügigkeit im Handel und durften ungehindert britische Häfen anlaufen. Dazu mussten sie jedoch zu Lande und zu Wasser die Vertragsflagge des Seefriedens zu verwenden, die in der britischen Marine verwendete "White Pierced Red", offenbar eine bisherige quadratische Signalflagge. Sie war quadratisch weiß und zeigte in der Mitte ein rotes Quadrat, ein neuntel so groß wie die Gesamtfläche der Flagge. Allerdings durften in Kriegszeiten alle Unterzeichner zu ihren bisherigen Flaggen zurückkehren. Die Vertragsflagge "White Pierced Red" war bei den befriedeten Arabern nicht sehr beliebt, und wenn sie verwendet wurde, dann wurde ihre Form in eine in der Region übliche längliche Form abgeändert. Bei den Al-Qawasim setzte sich das Design jedoch als Flagge ihrer Emirate durch und wird bis heute dort verwendet. Die konkurrierenden Scheichs der Hinawi und Ghafiri sahen mit dem Friedensvertrag ohnehin die Al-Qawasim mehr in der Pflicht als sich selbst. Über die Jahre stellte es sich für die Scheichs so dar, dass sie die gleiche Flagge wie die Al-Qawasim zu benutzten, oder gar deren Flagge zu übernehmen hätten. Dubai, das erst 1833 als Abspaltung von Abu Dhabi durch den Al Abu Falasa Clan unter der Familie Al Maktum entstand, lehnte die "White Pierced Red" aus besagten Gründen ab und verwendete eine einfarbig rote Flagge mit einem weißen Streifen am Mast als Vertragsflagge, ab 1936 sogar als National- und Staatsflagge, so wie sie damals und heute auch von Bahrain und Katar verwendet wurde (vielleicht nach deren Vorbild gestaltet) und so wie sie auch heute noch von Adschman verwendet wird. Auch Abu Dhabi übernahm viele Jahre später ebenfalls dieses Modell, wahrscheinlich ab 1905 und verwendete es bis 1958. Der Friedensvertrag soll auch geregelt haben, dass die Stämme der Bani Yas in Abu Dhabi und Dubai wie üblich ihre einfarbig rote Flagge als Kriegsflagge nutzen durften. Die gemäß Seefriedensvertrag im Kriegsfall erlaubte alte Flagge könnte bis 1892 verwendet worden sein, denn in jenem Jahr errichtete Großbritannien sein Protektorat und übernahm die Außen- und Verteidigungspolitik der Vertragsstaaten. Die heutige Flagge von Dubai wurde 1936 eingeführt, indem die Flagge des Seefriedensvertrags – das einfarbig rotes Flaggentuch mit dem weißen Streifen am Mast – als National- und Staatsflagge übernommen wurde. Vor der Einführung der Vertragsflagge britischen Ursprungs in den Farben Weiß und Rot waren bei den Ghafiri und Hinawi, also auch in Abu Dhabi, einfarbig rote Flaggen verwendet worden. Rot ist im Gebiet des Indischen Ozeans und des Persischen Golfs eine traditionelle Flaggenfarbe, die in engem Zusammenhang zum Islam steht, denn es ist die Farbe der Scherifen von Mekka, und ist ein Symbol der im östlichen Arabien lebenden islamischen Charidschiten. Rote Flaggen haben bzw. hatten alle islamischen Dynastien, die sich auf die Herkunft von den Alawiten berufen (auch Aliden genannt, Abkömmlinge Ali's → z.B. heutiges Marokko, früheres Nordjemen).
Das Emirat ist nach seiner Hauptstadt benannt: "Dubai". Noch vor 200 Jahren hieß der Ort "Al Wasl", heute ein Stadtteil von Dubai-Stadt. Das Wort Dubai lässt sich nicht übersetzen, so kann über seine Bedeutung und auch Entstehung nur gemutmaßt werden. Es wird einerseits ein persischer Ursprung vermutet, andererseits Ableitungen aus dem arabischen Wort "Daba", was unter anderem "kriechen" heißt und sich auf ein kleines Flüsschen vor Ort beziehen könnte. "Daba" heißt aber auch "Heuschrecke". Die arabische Aussprache wird sehr verschieden in lateinischer Schrift dargestellt, so dass es verschiedene Schreibweisen gibt, so auch Dubei oder Dubayy.
